Mis on Protein Data Bank (PDB) fail? Kuidas seda Windows 11-s avada ja vaadata?

Valguandmepanga (PDB) fail on failivorming, mida kasutatakse kolmemõõtmeliste bioloogiliste andmete salvestamiseks. PDB-faile kasutatakse tavaliselt andmete salvestamiseks valkude, nukleiinhapete ja muude biomolekulide kohta. PDB-faile saab vaadata mitmel viisil, sealhulgas tarkvara kaudu, nagu PyMOL ja VMD. Operatsioonisüsteemis Windows 11 saate PDB-faili avada, minnes File Explorerisse, klõpsates vahekaarti Vaade ja valides seejärel peidetud failide ja kaustade kuvamise suvandi. Kui olete seda teinud, peaksite leidma esialgse eelarveprojekti faili, mida soovite vaadata. Esialgse eelarveprojekti failid on oluline tööriist biomolekulidega töötavatele teadlastele, kuna need võimaldavad visualiseerida ja analüüsida andmeid kolmes mõõtmes. PDB-failide avamise ja vaatamise mõistmine on seega oluline oskus kõigile, kes töötavad bioinformaatika või arvutusbioloogia valdkonnas.

Protein Data Bank (PDB) failid on kolmemõõtmelised molekulaarfailid, mis salvestavad molekulaarstruktuure. Nüüd, kui soovite teada, kuidas selliseid faile arvutis avada, pakub see postitus teile huvi. Siin käsitleme üksikasjalikult PDB-faile ja seda, kuidas selliseid faile Windows 11/10-s vaadata. Seega, ilma pikema jututa, vaatame seda üle!

Mis on Protein Data Bank (PDB) fail?

Valgu andmepank (PDB) on valkude, nukleiinhapete ja muude suurte molekulide 3D struktuuriandmete andmebaas. Fail alates SKT Faililaiend on põhimõtteliselt fail, mis sisaldab 3D-bioloogilise molekuli struktuuriga seotud andmeid. Andmed hõlmavad aatomi koordinaate, aatomistruktuure, aatomite ühenduvust, valgu struktuuri, nukleiinhappe struktuuri ja palju muud. See sisaldab ka eksperimentaalseid metaandmeid.

Seda failivormingut kasutatakse laialdaselt bioinformaatikas valgu koordinaatide vahetamiseks. See sisaldab tuhandeid ridu, mis kirjeldavad valgu struktuuri. Kui soovite nüüd Windowsi arvutis PDB-faile lugeda või vaadata, peate kasutama spetsiaalset kolmanda osapoole tööriista, kuna selle jaoks pole algset rakendust. Selles postituses käsitleme erinevaid viise, kuidas Windows 11/10 PDB-faili vaadata.

Kuidas vaadata Windows 11-s Protein Data Bank (PDB) faili?

Protein Data Banki (PDB) faili vaatamiseks operatsioonisüsteemis Windows 11/10 on kaks võimalust:

1. Kasutage esialgse eelarveprojekti failide vaatamiseks tasuta tarkvara.
2. Proovige esialgse eelarveprojekti failide lugemiseks tasuta veebitööriista.

1] Kasutage esialgse eelarveprojekti failide vaatamiseks tasuta tarkvara.

Saate kasutada kolmanda osapoole Windowsi tarkvara, mis võimaldab avada ja vaadata PDB-faile. Windowsi jaoks on saadaval mitu tasuta töölauarakendust, mida saate proovida. Siin on mõned head, mida saate kasutada:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekul
• RasMol

A] IKmol

IQmol on tasuta ja avatud lähtekoodiga molekulaarne redaktor ja visualiseerimistarkvara Windows 11/10 jaoks. Seda kasutades saate vaadata nii esialgset eelarveprojekti kui ka mitmesuguseid muid 3D-molekulifaile nagu MOL, SMI, CUBE, XYZ jne. Sellest tarkvarast leiate kõik olulised molekulaarse visualiseerimise tööriistad. Need tööriistad ulatuvad tavalistest kuni täiustatud. Lisaks PDB-faili vaatamisele saate redigeerida ka molekulaarstruktuuri.

See võimaldab teil korraga avada mitu PDB-faili ja vaadata neid kõiki samal ajal. Mudelivaate paneelil saate lubada või keelata ühe või mitme PDB-faili renderdamise.

IQmooli peamised omadused:

Selle tasuta ja avatud lähtekoodiga PDB-failivaaturi funktsioonid, mida saate uurida, on järgmised:

• Leiate kõik standardsed failide sirvimise tööriistad, sealhulgas sisse-/väljasuumimine (hiirerattaga), panoraamimine, pööramine, täisekraan, vaate lähtestamine, telgede näitamine jne.
• See võimaldab teil kohandada mudeli välimust, muutes selliseid parameetreid nagu varjutaja, ümbritsev valgus, difusioon, udu tugevus, esiletõstmised, müra intensiivsus, POV-Ray parameetrid jne.
• Samuti saate lisada aatomimärgiseid, nagu aatomi mass, osalaeng, NMR, pöörlemistihedus jne.
• See võimaldab teil kaamera sätteid oma maitse järgi kohandada. Saate reguleerida kaamera projektsiooni, asendit jne.
• omama mugavat Automaatne pöörlemine funktsioon, mis võimaldab molekulaarmudelit automaatselt pöörata.
• Saate salvestada praeguse valgustruktuuri esituse pildivormingus, nagu PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS jne.
• Samuti võimaldab see teisendada PDB muudeks molekulifailideks, kasutades funktsiooni „Salvesta nimega”. Toetatud väljundvormingud: XYZ, MOL, MOL2, CML jne.
• Saate seda ka kasutada Arvutus funktsioonid arvutamiseks molekulaarstruktuuri energia, jõud, PES skaneerimine, ülemineku olek, keemilised nihked, geomeetria, lagunemisenergia, BSSE korrektsioon, ja nii edasi.

Lisaks vaatamisfunktsioonidele saate spetsiaalse Ehitamise menüü koos molekulaarse ehituse funktsioonide komplektiga. Need funktsioonid hõlmavad uute aatomite lisamist, uute molekulide sisestamist, struktuuri minimeerimist, isotoopide seadistamist ja palju muud.

See on tõeliselt hea molekulaarmodelleerimise tarkvara, mille abil saate oma arvutis Protein Data Bank faile visualiseerida. Kui teile meeldib, laadige alla siit .

Vaata: Chem4Word on Microsoft Wordi keemia lisandmoodul. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer on spetsiaalne tasuta PDB-failivaatur Windows 11/10 jaoks. See võimaldab visualiseerida ja analüüsida mitut valgustruktuuri korraga. Saate analüüsida PDB failis sisalduvat valgu struktuuri, DNA struktuuri jne. Lisaks PDB-failile võimaldab see avada ja vaadata ka MOL- ja MMCIF-faile.

Kui avate esialgse eelarveprojekti faili, kuvatakse liidesel 3D-vaade koos juhtpaneeli aknaga. Juhtpaneel sisaldab üldist teavet, loendit ja faili pealkirja. Saate hõlpsasti struktuuri liigutada, pöörata, sisse/välja suumida jne.

Samuti võimaldab see vastavalt oma eelistustele kuvada või peita punktipinda, alust, vesiniksidemeid, jõuvektoreid ja muud. Struktuuri paremaks analüüsimiseks saate esile tõsta ka erinevaid osi erinevate värvilahendustega. Lisaks saate kasutada kuvafunktsioone, nagu renderdamine tahke 3D-vormingus, renderdamine POV-iga, kuvamissildid ja palju muud.

Lisaks visualiseerimistööriistadele saate ka palju molekulaarse modelleerimise funktsioone. Lisaks on sellel ka energiaarvutus, H-sideme arvutamine, domeenianalüüs, domeeni tuvastamine, 3D-motiivide loomine, kristallograafilise sümmeetria loomine ja muud tööriistad.

Saate selle alla laadida aadressilt Ametlik sait .

Loe: Parim tasuta toiteanalüüsi tarkvara Windows 11/10 jaoks.

C] QMol

Cumol on veel üks tasuta PDB-vaatur Windows 11/10 jaoks. See on makromolekulaarse struktuuri visualiseerimise tööriist, mille abil saate vaadata PDB-faile. Muud failid, mida saate selles avada ja vaadata, on DX, MAP, MTZ, CNS jne.

See võimaldab teil lülituda perspektiiv- ja ortograafiliste vaadete vahel, pöörata mudelit, suumida sisse/vähendada jne. Mudelit saab renderdada kasutades POV-Ray ja selle animatsiooni renderdusmeetodeid. Renderdatud struktuuri saab salvestada PNG-vormingus. Saadaval on ka mõõteriist, mis võimaldab mõõta kaugust, nurka ja pöördeid mudelis.

Samuti võite leida täiendavaid tööriistu valgu struktuuri edasiseks analüüsimiseks. Nende tööriistade hulka kuuluvad Molekulaarne superpositsioon, Mol-pinna lõikur, Mol-pinna genereerimine, Moli sideme redaktor, interaktsioonianalüüs, Mol-morfi animatsioon, ja nii edasi.

See on hea tarkvara PDB-failides esineva valgu struktuuri visualiseerimiseks ja analüüsimiseks.

Vaata: .LIT-i valik # Kuidas teisendada LIT-i Windowsis EPUB-iks või MOBI-ks?

e-posti varundustarkvara

D] Molekulid

Järgmine PDB-vaaturi tarkvara selles loendis on Molekel. See on üsna vana, kuid võimas molekulaarse visualiseerimise tarkvara, mis võimaldab avada ja vaadata PDB-faile. Leiad palju molekulaarseid visualiseerimis- ja analüüsitööriistu, mis võimaldavad analüüsida valkude struktuure.

See võimaldab teil kohandada molekulide, aatomite, sidemete, jääkide jne kuvamist. Saate valida igaühe jaoks erinevad kuvatüübid, nagu Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Silinder, SoCylinder, Semicylinder, Traat, pulk, lineaarne lint jne. Lisaks saate reguleerida 3D-vaate omadusi, näidata/peida piirdekaste, kasutada varjutajaid jne. See võimaldab teil vaadata PDB-faili, muutes pinna elektrontihedust. struktuur ja lahusti jaoks kättesaadava pinna lisamine struktuurile.

võid leida Animatsioon selles olev funktsioon molekuli struktuuri animatsiooni esitamiseks. Sellel on ka spetsiaalne 'Analüüsi' menüü koos sobivate tööriistadega. Analüüsitööriistade abil saate määrata struktuuri jaoks võrguandmed, pöörlemistiheduse, molekulaarse elektrostaatilise potentsiaali, emissioonispektri, kauguse, nurga ja palju muud.

Samuti võimaldab see teisendada PDB-faile erinevatesse failivormingutesse. Nende vormingute hulka kuuluvad PDF, PS, EPS ja pilt. Kui teile meeldib, võite selle saada Siin .

Loe: Täielik anatoomiarakendus on Windowsi jaoks väärt allalaadimine. .

E] Rasmol

Saate kasutada RasMoli ka PDB-failide vaatamiseks opsüsteemis Windows 11/10. See on tasuta ja avatud lähtekoodiga tarkvara, mis võimaldab visualiseerida ja analüüsida molekulaarstruktuure. Samuti toetab see muude failide (nt MOL, XYZ, CIF, MOPAC jne) avamist ja vaatamist.

See võimaldab vaadata konstruktsiooni raami, lõimena, varraste, lintide, kiududena jne. Samuti saate konstruktsiooni erinevaid osi erinevate värvidega esile tõsta. Samuti võimaldab see vastavalt oma eelistustele näidata või peita vesinikuaatomeid, heteroaatomeid, varje, silte jne. Samuti saate mõõta konstruktsioonis kaugust, väände, nurka ja muid väärtusi.

See tarkvara on saadaval Siin .

Vaata: Parim tasuta 3D inimese anatoomia tarkvara Windowsi jaoks.

2] Proovige esialgse eelarveprojekti failide lugemiseks tasuta veebitööriista.

Esialgse eelarveprojekti failide avamiseks ja vaatamiseks saate kasutada ka tasuta veebitööriista. Kõik, mida pead tegema, on avada veebisait veebibrauseris ja selle vaatamiseks alla laadida PDB-fail. Siin on mõned head tasuta veebipõhise esialgse eelarveprojekti vaatajad, mida saate proovida:

• RCSB esialgne eelarveprojekt
• Molsoft

A] RCSB esialgne eelarveprojekt

Windows ei saanud diagnostikapoliitika teenust käivitada

Protein Data Banki failide visualiseerimiseks saate kasutada seda tasuta võrgutööriista nimega RCSB PDB. See võimaldab teil importida PDB-faili ning seejärel visualiseerida ja analüüsida selle molekulaarstruktuuri.

Leiate mõned põhilised visualiseerimisfunktsioonid, nagu suum, pööramine, täiustatud pordivaate lüliti, kaamera lähtestamine, valikurežiimi ümberlülitamine jne. Samuti võimaldab see reguleerida mõningaid sätteid või juhtimisvalikuid, nagu kaamerarežiim (perspektiivne või ortograafiline), taustavärv, /väljas. keelata oklusioon, lubada/keelata udu, lõikamine, asukoht jne.

See tuleb kaasa Animeerida funktsiooni. Seda kasutades saate valgu struktuuri automaatselt pöörata. Selle abil saate reguleerida pöörlemiskiirust ja -nurka. Saate ka pühendatud Mõõtmine tööriist selles. Selle tööriista abil saate teada mitmeid väärtusi, nagu kaugus, suund, nurk ja palju muud.

Lisaks nendele funktsioonidele on saadaval veel mitmed käepärased tööriistad: struktuurimotiivide otsing, komponentide lisamine, animatsiooni eksport, geomeetria eksport (STL, OBJ jne) ja mudeli eksport.

Kokkuvõttes on see tõesti hea tasuta veebipõhine PDB-vaatur koos suure hulga visualiseerimistööriistadega. Võid proovida Siin .

B] Molsoft

Molsoft on veel üks veebitööriist, mida saab kasutada esialgse eelarveprojekti struktuuride visualiseerimiseks. See on lihtne põhifunktsioonidega PDB-failivaatur. Esiteks avage see veebisait ja klõpsake kolmerealist menüüvalikut. Pärast seda valige suvand 'Ava', et importida kohapeal salvestatud PDB-fail või laadida fail üles oma Google Drive'ist. Kui valite faili, näitab see teile vaatajas molekulaarstruktuuri.

Struktuuri visualiseerimiseks saate kasutada erinevaid vaaterežiime. Need vaated hõlmavad traatraami, kreatiinfosfokinaasi (CPK), kuuli ja varda, linti ja palju muud. Saate hõlpsasti nende vaaterežiimide vahel vahetada vastavalt oma vajadustele. Lisaks võimaldab see struktuuri paremaks mõistmiseks lubada või keelata aatomimärgiseid, jääkide märgiseid, vesiniksidemeid ja saite.

See pakub ka mõõtmisvahendeid. Mudelis saate mõõta kaugust, tasanurka ja pöördenurka. Lisaks on saadaval käepärane Color by function, mis võimaldab värvida struktuuri aatomitüübi, ahela, joonduse, sekundaarstruktuuri jms järgi.

See on veel üks hea veebipõhine PDB-failivaatur, mida saate tasuta proovida.

Kuidas Protein Data Bankist PDB-faili alla laadida?

Protein Data Bankist PDB-faili allalaadimiseks võite külastada Protein Data Banki veebisaiti, sisestada ja otsida valgu või makromolekuli nime, nt inimese hemoglobiin, kitinaas jne. Seejärel valige fail otsingutulemustest ja kasutage esialgse eelarveprojekti faili allalaadimiseks allalaadimisvalikut. Nii lihtne see ongi.

Kuidas vaadata esialgse eelarveprojekti struktuure?

Esialgse eelarveprojekti molekulaarstruktuure saab vaadata spetsiaalse veebitööriista või tarkvararakenduse abil. Saate proovida tasuta tarkvara, nagu IQmol, Swiss-PdbViewer ja CueMol, et visualiseerida ja analüüsida esialgse eelarveprojekti struktuure arvutis. Kui eelistate kasutada veebitööriista, on palju võimalusi. Proovige näiteks veebiteenuseid, nagu RCSB PDB ja Molsoft. Need on tasuta veebipõhised PDB-failide vaatajad, mis pakuvad täiustatud molekulaarseid visualiseerimis- ja analüüsitööriistu.

Kuidas teisendada PDB-fail PDF-iks?

PDB-faili teisendamiseks PDF-iks saate kasutada seda tasuta töölauarakendust nimega Molekel. See pakub spetsiaalset valikut „Salvesta PDF-i”, mis võimaldab teisendada PDB-faili PDF-vormingusse. Saate PDB-faili avada ja seejärel klõpsata „Fail” > „Salvesta PDF-i”, et teisendada PDB-fail PDF-iks. Oleme selles postituses seda tarkvara üksikasjalikult arutanud, vaadake seda ülal.

See on kõik.

Nüüd loe: Parim tasuta molekulaarmodelleerimise tarkvara Windowsi jaoks.